Le Prélude et fugue pour orgue BWV 539 est une œuvre composite dont la datation reste incertaine, probablement élaborée durant la période de Weimar ou peu après, entre 1710 et 1717 environ, époque où Bach occupait les fonctions d'organiste de cour. Aucune commande précise n'est documentée, ce qui est fréquent pour les pièces d'orgue de cette période, souvent liées à sa pratique quotidienne ou à l'enseignement. La particularité de cette œuvre réside dans son origine hybride : la fugue reprend, transcrite pour orgue, le second mouvement de la Sonate pour violon seul en sol mineur BWV 1001, tandis que le prélude, de facture libre et improvisatoire, semble avoir été composé indépendamment pour lui servir d'introduction. Cette fugue, à l'origine conçue pour un instrument monodique, révèle par sa transposition à l'orgue toute la richesse contrapuntique implicite déjà présente dans l'écriture violonistique de Bach, démontrant sa maîtrise de la polyphonie virtuelle. Le prélude, plus modeste, contraste par son caractère rhapsodique et ses harmonies tourmentées en sol mineur. Dans le catalogue de Bach, le BWV 539 occupe une place singulière parmi les œuvres pour orgue, illustrant les pratiques de réécriture et d'adaptation chères au compositeur. Peu documentée à sa création, faute de témoignages contemporains, l'œuvre a suscité l'intérêt des musicologues pour ce qu'elle révèle des méthodes de transcription bachiennes. Aujourd'hui, elle demeure appréciée des organistes et chercheurs pour son témoignage unique sur le processus créatif de Bach, reliant son répertoire pour instruments à cordes à son œuvre pour orgue.